Сердца новгородцев были воспламенены рассказами о разграбленных церквах и опустошениях, укрепили они город новым тыном и поклялись умереть за Святую Софию и за свою вольность. В ту пору города обычно брали «измором» — длительной осадой, но на этот раз суздальцы понадеялись на силу своей рати и решились на приступ. Три дня войско готовилось к нему, а на четвертый день началось сражение. Новгородцы защищались мужественно, но сил у Мстислава было больше, и стал он одолевать вольных жителей Господина Великого Новгорода.
В то время архиепископом новгородским был святой Илия, еще прежде святительства своего удостоившийся чудесной помощи Пресвятой Богородицы, когда он возводил монастырь в честь Ее Пречистого Успения. Теперь же во время тяжелых для города испытаний архиепископ явил еще большее усердие, твердо уповая на Царицу Небесную. Уже два дня продолжалась осада города, и все это время новгородцы молили Господа о спасении. В третью ночь, когда святой Илия стоял на молитве перед образом Спасителя и со слезами взывал к Небесной Владычице, он услышал голос: «Иди на Ильину улицу, в церковь Спаса, возьми там икону Пресвятой Богородицы, вознеси ее на стену, и Богородица спасет город».
От неизъяснимой радости архиепископ провел всю ту ночь без сна, а утром созвал священный собор, поведал о чудесном голосе и послал протодьякона с клиром перенести указанную ему икону в соборную церковь Святой Софии и сам со священным собором стал совершать в ней богослужение. Весть об этом быстро разнеслась среди народа и вселила в него надежду и новое мужество.
Между тем пришедшие в церковь Спаса, совершив перед иконой благоговейное поклонение, хотели взять ее, но при всех своих усилиях не могли сдвинуть ее с места. Об этом сообщили святому Илии, и тогда он сам пришел в церковь Спаса вместе со всем священным собором. Упав перед образом Пресвятой Богородицы на колена, он умолял Ее об избавлении города от врагов и о прощении грехов всем живущим в нем: «Премилостивая Госпожа Дево Богородице! Ты упование и заступница граду нашему, стена и покров, и прибежище всем христианам! На Тебя надеемся и мы грешные: молись, Госпожа, Сыну Твоему и Богу нашему за град наш. Не предай нас врагам за грехи наши, но услышь плач и воздыхание людей Твоих и пощади нас, как в древности Сын Твой пощадил ниневитян покаяния ради».
По окончании молитвы архиепископа Илии все стали петь молебен, и во время пения икона вдруг сама собой заколебалась на месте. Увидев такое чудо, все в едином порыве воскликнули: «Господи, помилуй!», а святой Илия, приняв на руки икону с образом Пресвятой Богородицы, с умилением облобызал ее и в сопровождении народа с молебным пением вознес ее на городскую стену и поставил там.
Неприятель в это время с новой яростью устремился на осажденных, и военную дерзость свою простер даже на святую икону. Со стороны суздальцев тучами летели на молящихся стрелы, и одна из них попала в икону. В тот же миг обратилась она лицом к городу, и слезы закапали из глаз Пресвятой Богородицы. Архиепископ Илия, увидев, что из очей Царицы
и Владычицы Небесной текут слезы, стал отирать их своей фелонью, говоря при этом: «Царица Небесная, Ты являешь нам знамение, что со слезами молишься Сыну Твоему и Богу нашему об избавлении града». И весь народ, видя это чудо, стал снова слезно взывать: «Господи, помилуй!».
В то же мгновение средь бела дня вдруг наступила тьма, и внезапный и необъяснимый страх овладел суздальской ратью: войско пришло в беспорядок, и в общем смятении воины начали убивать друг друга. Воспользовавшись этим, новгородцы открыли ворота, вышли из города и быстро победили неприятеля: многих избили, а пленных, как сказано в летописи, взяли столько, что «десяток суздальцев отдавали за гривну». В воспоминание о чудесном заступничестве Пресвятой Богородицы архиепископ Илия установил 27 ноября (10 декабря) праздник в честь Богоматери Знаменской, назвав его «днем избавления и днем наказания». С того времени чудотворную икону стали изображать на печати Новгородского митрополита.
Почти два века простояла чудотворная икона в деревянной церкви во имя Спаса на Ильинской улице, а в 1354 г. началось на той же улице возведение каменного храма во имя Знамения Божией Матери. Через три года новая церковь была расписана и освящена, и чудотворную икону торжественно перенесли в новый храм и поставили по правую сторону от Царских врат. В 1565 г. архиепископ Макарий обновил икону Божией Матери «Знамение», к тому времени уже сильно обветшавшую, а жители Новгорода сделали к ней богатую ризу.
В 1566 г. в Новгороде недалеко от торговой площади вспыхнул сильный пожар, в короткое время охвативший близлежащие улицы. Все старания жителей потушить пожар ни к чему не приводили, и огонь, казалось, готов был истребить весь город. Тогда архиепископ Макарий вместе с духовенством и народом пошел крестным ходом к церкви Знамения, и там, преклонив колени перед чудотворным образом Пресвятой Богородицы, стал со слезами молиться: «О, Госпожа Царица, Пресвятая Богородица! Почто презрела и оставила нас, погруженных в такое бедствие! Знаем, Владычица, что велики беззакония наши, но пощади людей и город, в котором претворяется пресвятой образ Твой!» Затем он поднял святыню и понес ее крестным ходом по берегу Волхова: вскоре в сторону реки подул ветер, и пожар стал утихать.
В 1611 г. Новгородом овладели шведы, которые начали грабить храмы и дома новгородцев. Однажды несколько шведов подошли к церкви Знамения, где в то время шло богослужение. Неприятель ринулся было в открытые двери храма, но невидимая сила отбросила его назад. Снова бросались шведы вперед и снова были отброшены. Об этом стало известно во всем вражеском войске, и более никто из них не пытался проникнуть в Знаменскую церковь.
Но вот в 1636 г. новгородский серебряных дел мастер Лука Плавильщиков задумал обокрасть церковь Знамения и пришел в нее на праздник Знамения к вечерне. Когда по окончании службы народ разошелся, он спрятался, а ночью вошел в алтарь, взял с жертвенника серебряные святые сосуды и вынул из двух кружек подаяние. Но не удовольствовался этим, а дерзнул подойти к чудотворной иконе, чтобы и с нее снять богатое украшение. Однако не успел он коснуться чудотворного образа, как с необыкновенной силой был отброшен на пол.
Вошедший утром в церковь пономарь увидел лежащего Луку, но подумал, что тот пьян, и, взяв его за руку, вывел из церкви. Когда же обнаружилась пропажа, пономарь вспомнил о Луке и рассказал обо всем священникам. Те вместе с прихожанами пошли к Луке Плавильщикову в дом, нашли украденное, а его самого в полном помешательстве.
В смысле иконописном новгородская икона Божией Матери «Знамение» — Оранта («Предстоящая»): Пресвятая Богородица изображена на ней с молитвенно поднятыми руками, на груди Ее — диск (или медальон), на котором изображен Христос — Эммануил, в левой руке держащий свиток, а правой благословляющий.
Несколько лет назад икона Божией Матери «Знамение» была возвращена Русской Православной Церкви, и сейчас она находится в Софийском кафедральном соборе в Новгороде.